Кайса Мякяряйнен родилась 11 января 1983 года в Ристиярви, Финляндия. С детства Кайса увлекалась лыжными гонками и уже в четыре года выиграла свое первое соревнование. В школе и университете она активно занималась спортом и вскоре перешла на биатлон, который стал ее основной спортивной дисциплиной.
Кайса Мякяряйнен начала свою карьеру в биатлоне в начале 2000-х годов. Первые успехи пришли к ней в сезоне 2007/2008, когда она заняла третье место на этапах Кубка мира в Поклюке и Рупольдинге. В сезоне 2010/2011 она стала обладательницей Кубка мира и была признана спортивной личностью года в Финляндии.
Мякяряйнен трижды выигрывала общий зачет Кубка мира (в сезонах 2010/2011, 2013/2014 и 2017/2018) и шесть раз становилась обладательницей малых хрустальных глобусов в различных дисциплинах. На чемпионатах мира она завоевала шесть медалей: одну золотую, одну серебряную и четыре бронзовые. В частности, на чемпионате мира 2011 года в Ханты-Мансийске она выиграла золотую медаль в гонке преследования.
Кайса Мякяряйнен принимала участие в трех Олимпийских играх: Ванкувер 2010, Сочи 2014 и Пхенчхан 2018. Наиболее успешным для нее стало выступление в Сочи, где она заняла шестое место в масс-старте.
После окончания спортивной карьеры Кайса продолжает участвовать в национальных чемпионатах по лыжным гонкам. Она также увлекается велоспортом и бегом. В 2021 году она выиграла серебряную медаль на национальном чемпионате Финляндии в лыжной гонке на 10 км свободным стилем.
Кайса Мякяряйнен оставила значительный след в истории биатлона и продолжает вдохновлять молодых спортсменов своим примером и достижениями.